Gus Dur memiliki khazanah intelektual yang tidak diragukan lagi, walupun setahu saya beliau secara formal tidak pernah lulus dari suatu universitas, tetapi bacaan buku serta pengalaman beliau berkelana ke berbagai daerah Eropa dan Timur Tengah, Beliau sempat kuliah di IRAK dan menguasi kalau tidak salah 4 bahasa diantaranya bahasa Arab, Inggris, Prancis, dan Belanda, membuat beliau mudah membaca informasi dan pengetahuan yang berasal dari Eropa dan Timur Tengah.
Diantara jejak intelektual Gus Dur setelah kerja kerasnya membaca banyak buku yaitu tahun 1970 tulisan-tulisan mengenai pemikiran beliau mulai dimuat di majalah Tempo. Kemampuan Gus Dur untuk menulis begitu mengagumkan karena beliau mampu menyerahkan naskah tulisannya hanya selang waktu 2 jam menulis, disamping itu beliau rajin sekali menulis, bagi kita yg ingin pandai dalam hal menulis ya cara pertama kita harus rajin baca buku dan rajin menulis tentunya.
Gus dur juga pernah bekerja di LP3ES di Tahun 1971, kemudian 1972 mulai aktif mengisi seminar ilmiah dan ceramah, dan juga menulis di kolom Tempo dan Kompas, serta Prisma.
Tahun 1978 mulai aktif dan terlibat di Lingkaran Intelektual Muslim Progresif. Hingga 1980 mulai dikenal publik sebagai tokoh muda intelektual yang menganjurkan pembaruan pemikiran Islam.
Islam menurut Gus Dur memang diberikan kepada Nabi Muhammad SAW untuk seluruh umat manusia tanpa terkecuali. Disinilah kita dapat menyiapkan argumen bahwa islam dapat berkembang dimana saja dan merasuk kebudaya manapun dengan ramah dan dapat diterima dimanapun apabila disampaikan secara pendekatan manusiawi.
Memang Nabi Muhammad diturunkan di Arab bukan tanpa tujuan, namun setelah Islam masuk ke suatu daerah dengan situasi dan kondisi yang berbeda maka strateginya pun berbeda dengan catatan bahwa pedoman dan akidahnya tetap sama. Islam punya prinsip yang tidak boleh diganggu gugat dan punya sisi perdamaian dalam sisi fikih dakwahnya. Mengenai hal ini Islam turun di Arab bukan bertujuan supaya budaya arab melekat pada agama Islam, tetapi supaya keaslian Al-Qur'an tetap terjaga karena bangsa Arab merupakan bangsa yang memegang dan menjaga betul teks suci yang disampaikan Nabi mereka dobandingkan bangsa lain.
Sedangkan sistem pemerintahan Islam pun tidak pernah diatur secara paten oleh Nabi Muhammad, karena sepeninggal beliau Sahabat Abu Bakar ditunjuk untuk memimpin oleh para sahabat, kemudian sahabat Umar bin Khatab ditunjuk oleh sahabat Abu Bakar sendiri melalui wasiatnya, selanjutnya setelah itu sahabat Ustman bin Affan dan Ali Bin Abi Thalib dipilih berdasarkan panitia pemilihan.
Jadi dapat diartikan bahwa Islam bisa masuk dimanapun dan di sistem negara apapun, walaupun di dalam Al-Qur'an terdapat ayat yang menerangkan tentang khalifah bukan berarti sistemnya harus Khilafah, tetapi bisa menggunakan sistem lain seperti Demokrasi, Sosialis, Komunis dan Republik, asalkan dengan syarat Islam tetap dapat diterima di sistem itu.